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染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

項目介紹
參數
常見問題
應用案例

 

ChIP經典的蛋白與DNA互作研究工具

 

染色質免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術,

是研究蛋白質與DNA相互作用的經典手段;

通過將測序獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,

從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

 

用心服務每一個項目

最早開發動植物ChIP技術團隊之一,

已完成人、小鼠等多種物種進行染色質免疫共沉淀測序分析,

助力客戶在GenomicsPLoS OneGigascienceBMC Genomics等雜志發表多篇論文。

 

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

ChIP富集DNA

總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

細胞沉淀

組蛋白修飾1x10*7細胞;轉錄因子5x10*7細胞

動植物組織

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 

信息分析

ChIP-Seq

分析內容

備注

標準化分析

1、測序數據質量評估

去除低質量數據及接頭序列

2、與參考基因組比對

測序reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點

4、Motif分析

尋找修飾或者結合序列的偏好性

5、Peak圖譜分析

Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、Peak相關基因注釋

尋找修飾或者轉錄因子結合基因

7、組間差異Peak分析

尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域

8、差異Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

9、多組學整合關聯分析

例如,與轉錄組等數據關聯分析

10、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘

 
 
未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

案例分析:索拉非尼Sorafenib通過表觀調控機制抑制人肺上皮細胞EMT (團隊成員發表)

Sorafenib inhibits epithelial-mesenchymal transition through an epigenetic-based mechanism in human lung epithelial cells. PloS one. 2013; 8: e64954.

一、研究背景

上皮向間質轉變(EMT)一直被認為是原發腫瘤向轉移發展的重要早期步驟。組蛋白修飾在癌癥發生過程中緊密地調節基因表達和細胞活性,并且表觀遺傳治療已經被開發用于設計有效的癌癥治療策略。索拉非尼作為第一種被批準用于癌癥臨床治療的口服藥物,對腫瘤生長和EMT有顯著的抑制作用。然而,對潛在表觀遺傳機制的詳細理解仍然未知。

二、研究方案

取材:肺細胞系A549 EMT模型; 處理組: TGFβ1, TGFβ1+ Sorafenib

測序:染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)

驗證:ChIP-qPCR: 驗證DHMR; RTq-PCR: 基因轉錄變化

三、研究結果

1、通過ChIP-Seq技術檢測轉錄激活組蛋白修飾(H3K4me3H3K9ac)和轉錄抑制型組蛋白修飾(H3K9me3H3K27me3),發現索拉非尼顯著恢復EMT時組蛋白修飾的變化;

2、索拉非尼顯著抑制EMT相關關鍵基因的表觀遺傳開關,例如E-cadherinfibronectinTGF-b1, SnailSlug;

3索拉非尼通過調節HATHDAC的表達水平促進組蛋白乙酰化

四、研究結論

總之,我們發現索拉非尼(Sorafenib)通過表觀調控機制抑制人肺上皮細胞的EMT過程,揭示了表觀標志物作為治療人類惡性腫瘤的藥物靶點具有巨大的希望。

1. 4種組蛋白修飾在基因區和啟動子區的整體變化

 

2. 索拉非尼抑制TGFβ1誘導的EMT

 

3. EMT相關基因ChIP信號及轉錄關系

 

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